タイムカードが無く、毎月給料の締めの頃に上司が適当に振り分けた「残業手当申請書」に言われたとおり(あらかじめ日付や時間が勝手に書かれているので、自分では名前と捺印くらいしかないです)に記載するだけで、実際に仕事をした分の残業手当を貰ったことはないです。
また、昼休憩は1時間なのですが、しっかり1時間取ると上司から威圧的な目で見られます。

昔からそうだった、という感じで、もはや総務部から指示されたとおりに上司もやっていたらしく、なかなかトップまで改善の依頼が届かないようでした。
自分としては、終業前に作成する庶務日報の時間を必ず確認して記載したりしました。
会議等で残業する際も、会議資料を作る時に会議を行った日時をしっかり記載し、残業の証拠を残すようにしました。先輩は毎日帰る時間をメモし、わざと机の見える部分に置いて帰るようにしていたそうです。

なかなか上からの指示だと反論出来ない部分があると思います。
残業関係がどうにかならない時は、労務問題に強い弁護士に相談して他の権利を行使してみるのもありかと思います。
有給休暇にも種類があるので、活用できるだけ活用してしまいましょう！